Aunque no se sabe a ciencia cierta cuando San Juan Bautista comienza a ser el patrón de Medina de Rioseco, si que se conocen muchas circunstancias que nos ayudan a saber algo más de por qué los riosecanos decidieron tenerle como patrón. En un documento de 1582, que saca a la luz el historiador local Esteban García Chico en 1947, un acuerdo del Consistorio da relación de los votos que la villa tiene la obligación de guardar. El Ángel Custodio, Santa Brígida, San Albín San Gregorio, Santo Toribio, San Isidro, San Agustín, San Urban, San Pedro y San Ponciano son santos protectores que habrían librado a la ciudad de alguna calamidad y hacia los que se tenía especial devoción y se guardaba voto «cada año de tiempo inmemorial a esta parte». Nada se habla de San Juan ya que su relación con Rioseco vendrá por otros motivos.
El que fuera párroco riosecano durante cerca de medio siglo, Gabriel Pelletero, señala que «antes de ser San Juan Bautista el patrón lo fue San Ponciano». De hecho, en su festividad, el día 19 de noviembre, se conoce que se organizaba procesión por el atrio de Santa Cruz con las andas y la reliquia existente en esa iglesia, y que ahora se pueden ver en el Museo de San Francisco. El veterano sacerdote sostiene que el inicio de las fiestas de San Juan estaría motivado «por el interés de los Almirantes de potenciar las ferias que durante esos días se celebraban en Rioseco y que tenían una gran resonancia». De hecho hasta el pasado año se llamaban Ferias y Fiestas de San Juan.
En esta devoción de la ciudad hacia este santo hay que saber que en 1547 se funda la Cofradía de los Caballeros de San Juan Bautista bajo el amparo y gracia del almirante Luis Enríquez de Cabrera y que estaría compuesta de un alférez y cinco diputados, “todos ellos personas de la mayor distinción”. En sus capítulos se estipula que el día de la víspera de la fiesta por la tarde se junten a caballo todos los cofrades en casa del alférez para ir a buscar al almirante y de allí a oír misa en la ermita del santo, junto a la actual calle de San Juan. El día 24 de junio, se repetía el cortejo y después de la misa el alférez tenía obligación de invitar al resto de la cofradía a un almuerzo. Por la tarde era normal que todos jugaran en la plaza de la villa a cañas. El Regimiento contribuía en la fiesta con una lidia de toros, «una de las honradas costumbres que siempre quiso conservar la villa», todo ello recogido por Benito Valencia Castañeda en sus famosas Crónicas de Antaño. Es de suponer que la labor de esta cofradía para fortalecer a San Juan como patrón de Rioseco fuera importante.
Sin embargo, en 1754, según recoge García Chico, existe una relación del concejo en la que no se discierne cuál es el patrón de la ciudad y en el que se señala que San Juan y San Poncianos son venerados como tales. Además se hace referencia a que en la víspera de San Juan Bautista se adornaban los balcones de la casa del Consistorio en la que se ponía un estandarte con la encomienda del santo. A la hora de vísperas salía la ciudad precedida de sus porteros y maceros, y el procurador general tomaba el estandarte para ponerse entre los dos alcaldes y marchar a la iglesia de San Juan (sobre la puerta de Castro, al final de la Rúa) donde asistían al completorio que oficiaban los beneficiados que residen en la parroquial de Santa María. Acabadas las completas se volvía a la ciudad con el mismo orden a las casas de Consistorio de donde al día siguiente se salía del mismo modo para asistir a la misa del San Juan.
El profesor de la Universidad de Valladolid, Ramón Pérez de Castro, explica que se conoce que en la puerta de San Sebastián existía una capilla dedicada a San Juan y que tras el derribo de la puerta de Castro se construiría la puerta de San Juan con una capilla dedicada al santo, junto a la actual calle que lleva ese mismo nombre. «Es posible que la talla de San Juan Bautista, de Tomás de Sierra, perteneciese a esta capilla, ya que como el arco pertenecía a la feligresía de Santa María pasó a esa iglesia», destaca el historiador quien explica que en 1845 se manda derribar esta puerta y su piedra se utiliza para la construcción del nuevo cementerio.
Muestra de toda esta historia del santo patrón se refleja en la iglesia de Santa María donde se encuentran diferentes imágenes y cuadros que tiene a San Juan Bautista como principal motivo, algo que habla de la gran devoción de un pueblo por su patrón.